在食品高溫殺菌工作過程中，殺菌的主要對象是肉毒芽孢螺旋桿菌，此種菌能產生對人體造成致命傷害的毒素，其屬耐熱性厭氧菌，在121℃環境中三分將鐘將失去生物活性，在100℃環境中6個小時左右失去生物活性。當然，溫度越高，該病菌存活時間越短。經科學檢測，在121℃時殺菌較為適宜，此時包裝物有很好的耐熱性，而且食品口感也較為良好。121℃殺菌時，食品中心F值達到4，食品中就不會檢測出肉毒芽孢螺旋桿菌，達到了商業無菌的要求。
1、手動控制型：所有閥門和水泵均由手動控制，包括加水、升溫、保溫、降溫等工序。
2、電氣半自動控制型：壓力由電接點壓力表控制，溫度由傳感器（pt100）和進口溫控儀控制（精度為±1℃），降溫過程由人工操作。
3、電腦半自動控制型:采用PLC和文本顯示器將采集的壓力傳感器信號和溫度信號進行處理，可以儲存殺菌工藝，控制精度高，溫控可達±0.3℃。
4、電腦全自動控制型：全部過程都有PLC和觸摸屏控制，可以儲存殺菌工藝，操作工只需按啟動按鈕即可，殺菌完畢后自動報警，溫控精度可達±0.1℃。
殺菌鍋主要從控溫精度和熱分布均勻性上進行選擇，若產品要求溫度很嚴格，尤其是出口產品，因為要求熱分布很均勻，所以應盡量選擇電腦全自動殺菌鍋。電腦半自動殺菌鍋溫度控制、壓力控制與電腦全自動相同，但是價格卻是電腦全自動的1/3。一般要求可以選擇電氣半自動殺菌鍋。手動殺菌鍋殺菌難度高，控溫和控壓等都由人工完成，食品外觀很難掌握，漲罐（袋）和破碎率高。
